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中医学利用五行学说来解释人体的生理功能，说明机体病理变化，用于疾病的诊断和治疗。
五行学说将人体的五脏六腑分别归属于五行。从五脏的资生来看，肾水之精以养肝木，肝木藏血以济心火，心火之热以温脾土，脾土化生水谷精微以充肺金，肺金清肃下降以助肾水。这说明了五脏之间的相生关系。从五脏之间的相互制约来看，肺气清肃下降，可以抑制肝阳上亢，即金克木；肝气条达，可以疏泄脾土的郁滞，即木克土；脾的运化，可以避免肾水的泛滥，即土克水；肾水的滋润，能够防止心火的亢烈，即水克火；而心火的阳热，可以制约肺金清肃的太过，即火克金。中医学还用五行学说来说明人体与自然环境及气候、饮食等的关系。
人体在病理情况下的改变，也是可以用五行学说来说明的。由于脏腑分属五行，脏腑之间的相互影响，也是依据五行学说的规律的。如肝病传脾，即木乘土；而脾病及肝，即土侮木；而肝脾之间的相互病理影响，则为木郁土虚或土雍木郁。肝病影响到心，为母病及子；影响肺，即木侮金；影响肾，即子病及母。
依靠中医望、闻、问、切四诊方法所获得的信息均有其五行归属，据此，可以综合判断患者的疾病。比如，患者面色发青，喜食酸食，脉弦，则可诊为肝病；面色红，口中苦，脉洪大，可诊断为心火旺。又如，痉挛拘急抽风，根据五行归类属木病，从人体脏腑来看，可诊断为肝病；全身水肿，医学教`育网搜集整理小便不利，五行归类属水病，而病位可定为肾。
根据五行学说，治疗疾病时不仅要考虑发生病变的脏腑本身，还应根据脏腑之间的生克关系，控制疾病的传变。正如《难经》所论述的：“见肝之病，则知肝当传之于脾，当先实脾。”
