疾病的发生，从根本上来说是阴阳的相对平衡遭到破坏，出现偏盛偏衰的结果。对于这些脏腑经络功能失常的病理变化，运用针灸方法则可以调理阴阳，补偏救弊，恢复阴阳相对平衡，促进阴平阳秘，保持精气充沛，形气相合，神气内存。
针灸调和阴阳的作用主要是通过经络腧穴配伍和针刺手法来实现的。例如：胃火炽盛引起的牙痛，阳热偏盛，治宜清胃泻火，取足阳明胃经腧穴内庭，针刺泻法。
寒邪伤胃引起的胃痛，属阳邪偏盛，治宜温中散寒，取足阳明胃经腧穴足三里和胃之募穴中脘，针刺泻法，并灸。
肾阴不足、肝阳上亢引起的眩晕，属阴虚阳亢证，按着“阴病治阳，阳病治阴”的原则，治宜育阴潜阳，取足少阴肾经腧穴太溪，针刺补法；取足厥阴肝经腧穴行间，针刺泻法。
脾阳不足引起的慢性泄泻，属阳虚阴盛，治宜温阳散寒，取足太阴脾经腧穴阴陵泉等穴，针刺补法，并灸。
由于阴阳之间可以相互化生，相互影响，树图思维导图搜|集整理故治阴应顾及阳，治阳应顾及阴，在调和阴阳时，常采用“从阴引阳，从阳引阴”的方法，临床上最常见的是运用募穴、背俞穴来调养脏腑的阳气和阴气。
疾病的发展过程，是正气和邪气的相互斗争的过程，正邪力量消长决定疾病的发展和转归，邪胜于正则病情加重，正胜于邪则病情减轻，因此，扶正祛邪是保证疾病趋向良性转归所不可缺少的。针灸治病，就在于能够发挥其扶助正气，祛除邪气的作用。
针灸扶正祛邪的作用主要是通过针刺手法和腧穴配伍来实现的。例如：
在刺灸方面，针刺补法和艾灸都有扶正的作用；反之，针刺泻法和刺血疗法都有祛邪的作用。
在腧穴配伍方面，膏肓俞、气海、关元、命门等穴，多在扶正时选用；十二井穴、十宣、人中等穴，多在祛邪时选用。
如见面色苍白，大汗淋漓，四肢厥冷，脉微的虚脱证，治宜回阳固脱，急取关元、神阙，大艾炷灸之，并取足三里，针刺补法。如见高热神昏，烦躁口渴，脉洪大而数的外感温热证，治宜泻热开窍，取十二井穴用三棱针点刺出血，再取大椎、曲池针刺泻法。
扶正与祛邪，方法不同，但二者相互为用，相辅相成，既可先祛邪后扶正，又可先扶正后祛邪，或扶正与祛邪并用。一般以“扶正不留邪，祛邪不伤正”为原则，只有这样，才能取得预期的疗效。
经络系统遍布体内，纵横联系，交叉出入，沟通表里，联系上下，构成人体气血运行通路，维持人体正常生理功能。若由于种种原因，导致经络不通，脏腑肢节失却温煦濡养，气血闭阻，则会疾病丛生，或滞或瘀，或虚或实，或寒或热，或气血失和，或阴阳偏颇。针灸治病则可利用其“疏通经脉，调和气血”的作用，根据经络与脏腑在生理病理上相互联系，相互影响的机理，在经络循行分布路线和联系范围内选取一些腧穴，进行针刺或艾灸，使经络畅通，营运有度，气血调和，阴阳平衡。
针灸疏通经络作用同样主要是通过经络腧穴的配伍和针刺手法来实现的。以足阳明胃经为例：
足阳明经气偏盛之牙龈肿痛，取本经内庭穴，泻热通经止痛；足阳明经气偏衰的胃痛，可取本经足三里穴，温通经络补虚止痛；足阳明经气逆乱，包括浊气上逆的呕吐，清气不升的腹胀、腹泻等。亦可取本经足三里穴，升清降浊，调和胃气；足阳明经气阻滞引起的股髀部疼痛、麻木，可取本经髀关、伏兔等穴，疏通经气，畅和气血。
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