中医学独特理论体系的建立，在很大程度上取决于它的研究对象。中医学以维护人体健康长寿、预防疾病、调节心身为研究对象。医者在做“治病之工”、“治未病”的同时还要指导调养心性，宝命全形。由此目标而确立的医学行为即是“医乃仁术”。中国历代医生非常重视医德修养，中医医德要求医生济世施术、恒德慎医和谦虚善学等。
任何一门科学都有自己的认识途径和手段。方法是为了达到某一目标而采取的手段、工具或程式。中医理论体系的建立及医生们在临床实践活动中有其一套惯用的认识和探索方法，从这些方法中也能显现出中医理论体系的一些特点。
中医学在创立之初就从多学科的视角审视医学。在《素问·示从容论》中就指出研究医学要“览观杂学，及于比类，通合道理”，《素问·气交变大论》还引用《上经》的话说：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以长久。”这是从天、地、人的大系统及其要素间的相互作用来考察人体的健康和疾病。其中主要运用观察方法、临床实验方法、调查方法、文献学方法、类比方法和分类方法、建立假说和理论模型方法，以及系统方法等。
一、观察是获得经验事实的重要方法。“观察”一语，出自《周易·系辞》：“仰观于天，俯察于地。”《灵枢·逆顺肥瘦》把对自然现象的观察称为“审察于物”，《灵枢·卫气失常》称临床观察为“候病”。《素问·五运行大论》说：“候之所始，道之所生。”指出对自然变化和人体生理疾病规律的认识始于观察。《灵枢·官能》篇认为“观于幽冥，通于无穷”，古代医家通过广泛细微的观察，外而天文、气象、物候、地理、社会人情，内而体质秉赋、生活习惯、症状、体征的观察，以及解剖所见的脏腑形态等，把这些现象联系起来，发现了病候的相关性，建立了中医学理论。中医学观察有独特的内容，其信息收集和提取是按阴阳五行、四诊八纲的线索来操作认定的。例如望诊气色本于五脏五色，切脉时要考察的不仅仅是脉管本身的情况和跳动次数，而是通过脉搏所负载的信息，来判断病发脏腑及其他与患病有关的因素。中医的观察具有整体性、动态性、系统性和辩证性的特征。诚如《素问·五脏生成》篇所说：“夫脉之大小、滑涩浮沉，可以指别；五脏之象，可以类推；五脏相音，可以意识；五脏微诊，可以目察。能合脉色，可以万全。”
二、临床实验方法。在古代，中医学的建立和发展都离不开在人的机体上开展的“实验”，“神农尝百草”即是对药物性味功效的“临床实验”，各种疗法也都是临床实验的产物，包括各种方剂的作用、针灸治疗等。医生对病人的每次治疗，都具有“实验”性质。比如在辨证论治时，还根据对第一次的治疗反应调整下一次治疗也是一个实验过程。医生的经验就来自于“临床实验”。在当代，“临床实验”已成为新药研制规范中的一环，有一整套科研程序和指标，既确保了受试者的安全，又提高了实验结果的可靠性医学教`育网搜集整理。
三、调查方法是通过对研究对象各方面问题考察了解和直接接触而获得事实材料的方法。张仲景博采众方是普遍调查，吴又可临观疫区是典型调查，李时珍涉足山泽剖析穿山甲是解剖麻雀式的调查。临床问诊也是调查。当代中医学在科研中开始使用群体调查方法，用问卷调查流行病学特征，同时还运用各种抽样手段，丰富了调查方法在中医学中的应用。
四、文献学方法。中医文献包括有历史意义的资料和文物。据1991年出版的《全国中医图书联合目录》所载，中国现存古医籍有近1万种之多，这是中医学的宝贵遗产。通过文献进行回顾性研究，在古代就为医家们所习用，不仅以“辨章学术，考镜源流”为医学研究提供继承性和借鉴性的知识，也通过文献的活化和综合利用取得某些理论上和技术上的创新。20世纪以来，砭石、九针、甲骨文、马王堆汉墓古医书、武威医简的出土等，使中医文献学的研究步入了一个新的历程，也使中国医学史更丰彩鲜艳。计算机的应用则为中医文献研究开辟了新的途径。
五、类比方法和分类方法。类比方法是在两个对象属性相同时，据已知事物来推断未知事物的方法。《内经》中脏腑功能的理论就是用类比方法建构的。这种取类比象方法，在《素问·征四时论》中称之为“类推”。对一些事物或事件进行分类的方法在中医学中也较为常用，《内经》称此法为“从其类序”或“比类”。例如《神农本草经》用上、中、下“三品”分类药物，五行学说把诸多事物分成五大类。《内经》非常重视类比和比类的作用，认为这是提高理论水平的重要方法，如《素问·示从容论》所言：“援物比类，化之冥冥。”
六、建立假说和理论模型的方法在中医学理论中也有较多的应用。以一定理论与事实为依据，关于事物及规律的推测及解释即是假说。假说是研究过程中的重要环节和方法，也是科学研究的成果。《内经》中就有营卫睡眠假说、淫邪发梦假说等。《外台秘要·消渴消中门》则根据尿为血之余和酿酒制醋原理，结合消渴病人尿甜的事实，提出消渴的“肾虚不能气化”假说，不仅有治疗意义，还据此提出了控制饮食的治疗原则。历代中医的各家学说，都具有假说的特征。对原型的特征和变化规律的模拟进行的理论阐述即是理论模型。它能在主题范围内简明而深刻地概括原型特征。中医理论中脏象和经络的实质即是理论模型。《管子·白心》说：“知其象则索其形，缘其理则知其情”，“象”是对原型的表述，如《素问·五运行大论》所说：“天地阴阳者，不以数推，以象之谓也。”脏象中的五脏，不是解剖学的实质器官，而是按五个系统在人体功能中的五行比类进行的模拟。经络也不是解剖实体，是关于经气传导通道的理论模型。运用理论模型阐述人体的功能结构，是中国古代医学的创造，也体现了古代医学家的智慧医学教`育网搜集整理。
七、系统方法。系统论是研究现实系统或可能系统一般规律和性质的理论。合宜于系统论的方法是系统方法。中医学从整体观念出发，运用类比同构，又从机体的层次性、联系性来阐述人体的特征，认识到机体的有序性和自组织特征，并将其运用于诊断、治疗和用药组方的实践，这是系统论方法在医学中的运用。中医学以气和阴阳的观念阐述相互依存、相互对立的信息，以阴阳平衡和五行间的制约实现系统的平衡，这是朴素的系统论思想。以信息方法分析，辨证是信息识别，四诊合参是信息互校，证是信息群。《灵枢·本脏》的“视其外应，以知内脏，则知病所变矣”和《灵枢·外揣》的“司外揣内”，乃至临床常用的“审证求因”等都是控制论的“黑箱方法”。其实早在《内经》中就已提出了控制论的负反馈概念，《素问·六微旨大论》以负反馈失调作为病机的基础：“亢则害，承乃制，制则生化，外列盛衰，害则败乱，生化大病。”对疾病的治疗，也较多地运用负反馈调节来论治。如《素问·天元纪大论》说：“五行之治，各有太过、不及也。故其始也，有余而往，不足随之；不足而往，有余从之。”中医学把人体作为一个系统，又把天地人作为一个更大系统，具有大系统理论的思想。《素问·宝命全形论》对“人”的定义是：“夫人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。”中医学所运用的系统方法虽然是朴素的，不能与现代系统方法等同，但它对中医理论的形成和发展及其理论路线、方向的确定都起到了重要作用。
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