结石＜0.6cm，光滑，无梗阻及感染、纯尿酸结石或胱氨酸结石，应试行药物排石及溶石治疗。直径＜0.4cm，光滑的结石，90％能自行排出。
饮水治疗：增加饮水量，保持尿液量在2000～3000ml/d，可降低尿中成石物质的浓度，控制结石生长并有机械性冲洗作用，有利于结石排出。
饮食调节：草酸钙结石应限制高钙饮食（如奶类和巧克力等）和高草酸饮食（如浓茶、西红柿、菠菜和芦笋等），少食高糖、高动物蛋白及高脂肪饮食。尿酸结石应避免饮酒、动物内脏和高嘌呤食物。
调节尿液pH值：口服枸橼酸钾、碳酸氢钠等碱化尿液，有利于尿酸和胱氨酸结石的溶解和消失。口服氯化铵使尿液酸化，有利于防止感染性结：石的生长。
控制感染：结石伴有感染或感染性结石应根据尿培养阳性细菌选用有效的抗生素治疗。
纯尿酸结石的治疗：调节饮食、碱化尿液及口服别瞟呤醇有较好的治疗效果。
中西医结合：中药的针灸对结石排出有促进作用，常用单味中药有金钱草或车前子等。针刺穴位肾俞、膀胱俞、三阴交等。
肾绞痛治疗：以解痉止痛为主，如注射阿托品、哌替啶，同时应用钙通道阻滞剂、吲哚美辛、黄体酮等。
2.体外冲击波治疗（ESWL）
适用于肾、输尿管上段＜2.5cm的结石，具有正常肾功能，碎石成功率可达90％左右。结石过大常需分次碎石，间隔时间必须不少于1周。但结石远端尿路有梗阻、妊娠、出血性疾病、严重心脑血管病、安置心脏起搏器者、急性尿路感染、血肌酐＞265/Lmol/L、育龄妇女下段输尿管结石等应列为碎石禁忌证。或因过度肥胖不能聚焦、肾位置过高、严重骨关节畸形致结石难以定位，也不适宜采用ESWL治疗。若击碎之结石堆积于输尿管内形成“石街”，患者会出现疼痛或不适，有时还可合并感染和肾功能受损等并发症。
3.内镜治疗
输尿管镜取石或碎石术：适用于中、下段输尿管结石、平片不显影结石、因肥胖、结石硬、停留时间长和经ESWL，治疗后并发（石街）等患者，经尿道置镜入膀胱输尿管镜直达结石部位，直视下用激光、超声或气压弹道击碎结石。下尿路梗阻、输尿管细小、狭窄或严重扭曲等不宜采用此法。结石过大或嵌顿紧密，造成手术困难或失败。并发症有输尿管黏膜下损伤、假道、穿孔、撕裂、感染等，远期可有输尿管狭窄、闭塞或逆流等。
经皮肾镜取石或碎石术：经腰背部细针穿刺直达肾盏或肾盂，扩张并建立皮肤至肾内通道，放入肾镜，直视下取石或碎石。取石后安置肾造瘘管引流尿液。适用于＞2.5cm的肾盂结石，部分肾盏结石及鹿角形结石。对结石远端尿路梗阻、肾内残余结石或结石质硬、复发结石、有活跃代谢性疾病及需再次手术者尤为适宜。还可与ESWL联合应用治疗复杂性肾结石。凝血机制障碍、对造影剂过敏、过于肥胖穿刺针不能达到肾内、或脊柱畸形者不宜采用此法。并发症有肾实质撕裂或穿破、出血、漏尿、感染、动静脉瘘、损伤周围脏器等。
腹腔镜输尿管取石术：适用于输尿管结石＞2crn，或经ESWL、输尿管镜手术治疗失败者。手术途径有经腹腔和经后腹腔两种。手术时需用导尿管排空膀胱及鼻胃管对胃肠道减压，以利于手术。取石后要安置双“J”管于输尿管腔内引流尿液。
4.开放手术
在上述治疗失败或元条件进行上述治疗方法时，可采用开放手术治疗。根据结石部位、大小、复杂程度、患l肾功能等可选用输尿管切开取石术、肾盂或肾窦切开取石术、肾实质切开取石术、肾部分切除术或肾切除术。
双侧上尿路结石治疗双侧上尿路结石治疗应比较双侧梗阻程度、肾实质厚度、分肾功能及处理结石难易程度决定治疗方案。原则上首先处理梗阻较重、肾功能易于恢复及较易处理结石的一侧。
双侧输尿管结石：一般先处理梗阻严重侧。条件允许可同时取出双侧结石。
双侧肾结石：应先处理易于取出结石且安全的一侧。若肾功能极差，梗阻严重、全身情况差，应先行肾造瘘引流尿液，改善和恢复肾功能，待情况好转后再处理结石。
双侧上尿路结石或孤立肾上尿路结石致急性完全性梗阻无尿时，在明确诊断后，若全身情况允许，应及时施行手术。如病情严重不能耐受手术，可试行输尿管插管，通过结石部位后留置导管引流尿液；不能通过结石部位时，则改行经皮肾造瘘术。病情好转后再选择适当治疗方法。
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