如有以下情况应考虑本病：①中青年患者有肠外结核，主要是肺结核；②临床表现有腹泻、腹痛、右下腹压痛，也可有腹块、原因不明的肠梗阻，伴有发热、盗汗等结核毒血症状；②X线钡餐检查发现回盲部有跳跃征、溃疡、肠管变形和肠腔狭窄等征象；④结肠镜检查发现主要位于回盲部的肠黏膜炎症、溃疡、炎症息肉或肠腔狭窄，活检如见于酪样坏死性肉芽肿或结核分枝杆菌具确诊意义；⑤PPD（结核菌素）试验强阳性。对高度怀疑肠结核的病例。如抗结核治疗（2～6周）有效，可作出肠结核的临床诊断。对诊断有困难病例，主要是增生型肠结核，有时需经剖腹探查才能确诊。
鉴别诊断需考虑下列疾病：1.克罗恩（Crohn）病本病的临床表现、X线及内镜检查所见常与肠结核酷似，需仔细鉴别。鉴别要点：①无肠外结核证据；②有缓解与复发倾向，病程一般更长；③X线发现病变虽以回肠末段为主，但可有其他肠段受累，并且呈节段性分布；④更易并发瘘管或肛门直肠周围病变；⑤抗结核药物治疗无效；⑥鉴别诊断有困难而行剖腹探查者，切除标本及周围肠系膜淋巴结均无结核证据，病理特点为非干酪肉芽肿医.学教育网搜集整理形成，镜检与动物接种均无结核分枝杆菌发现。
2.阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿 既往有相应感染病史。常见脓血便。粪便常规或孵化检查发现有关病原体。结肠镜检查有助鉴别诊断。相应特效治疗有效。
3.右侧结肠癌 比肠结核发病年龄大，常在40岁以上。一般无发热、盗汗等结核毒血症表现。X线检查主要见钡剂充盈缺损，病变局限在结肠。结肠镜检查及活检可确定结肠癌诊断。
4.其他 肠结核有时还应与肠恶性淋巴瘤、耶尔森杆菌肠炎及一些少见的感染性肠病如非典型分枝杆菌（多见于艾滋病患者）、性病性淋巴肉芽肿、梅毒侵犯肠道、肠放线菌病等鉴别。以发热为主要表现者需与伤寒等长期发热性疾病相鉴别。
