化学消毒应选择具有杀菌谱广、毒性低、无刺激性、性能稳定、无腐蚀性、作用速度快等优点的化学消毒剂。各种化学消毒剂可按其杀灭微生物作用水平分为高、中、低三种类型，可根据不同消毒目的选用。
（1）乙醇 在醇类中最常用，是良好的皮肤消毒剂。医疗器械消毒，可用70%～80%乙醇浸泡，但仅用于一般不进入无菌组织的器械灭菌，浸泡时间为30分钟。
（2）戊二醛 此为一优良广谱消毒剂，能杀灭各种细菌繁殖体与细医-学教育网搜集整理菌芽胞以及真菌与病毒。无色、无刺激，腐蚀性较小。有机物对其消毒效果影响极微。适用于多种医疗器械的消毒。制剂为2%碱性戊二醛，用其浸泡器械，在2分钟内，可杀灭细胞繁殖体，10分钟内可杀灭真菌、结核杆菌，15～30分钟可杀灭乙型肝炎病毒，杀灭细菌芽胞则需4～12小时。
（3）碘伏 是碘与表面活性剂的不定型结合物。可配成水或乙醇溶液使用。可杀灭各种细菌繁殖体与芽胞，以及真菌和病毒，乙醇溶液较水溶液杀菌作用更强。消毒器械可用1～2mg／ml的有效碘溶液浸泡1～2小时。
（4）福尔马林液 含甲醛36%～40%即福尔马林液。本品具有良好杀菌作用，可杀灭细菌繁殖体与芽胞，以及真菌和病毒等。用于外科器械灭菌，使用10%溶液，浸泡60～120分钟，用时应以灭菌蒸馏水冲净残留药液。
（5）含氯消毒剂 消毒剂溶于水中可产生次氯酸者称为含氯消毒剂。目前常用的有漂白粉、三合二、次氯酸钙、二氯异氰尿酸钠、氯胺丁等5种。含氯消毒剂杀菌谱广，对细菌繁殖体、病毒、真菌孢子及细菌芽胞均有杀灭作用。
（6）过氧乙酸 其气体和溶液均具有较强的杀菌作用。杀灭细菌芽胞用1%浓度，5分钟可奏效，而杀灭繁殖体型微生物仅需0.01%～0.5%的浓度，时间30秒～10分钟即可。对乙肝病毒也有杀灭作用。
