牙本质和牙髓的关系密切，随着年龄的增长和在病理性刺激存在的情况下，牙本质的结构可发生一系列的变化。
1.修复性牙本质也称反应性牙本质或第三期牙本质。当釉质表面因磨损、酸蚀、龋病等而遭受破坏时，其深部牙本质暴露，成牙本质细胞突起及胞体受到不同程度的损伤。受损的成牙本质细胞部分发生变性，部分细胞可继续形成牙本质。发生变性的细胞可由牙髓中的未分化间充质细胞取代，形成新的成牙本质细胞，在受损处相对的髓腔壁处形成牙本质以保护牙髓，此种牙本质称为修复性牙本质。修复性牙本质中牙本质小管的数目少而弯曲，有些区域仅有少数小管或不含小管。
修复性牙本质形成时，成牙本质细胞常常被包埋在形成很快的间质中，此后这些细胞变性，遗留一个空隙，很像骨组织，此时称为骨样牙本质。修复性牙本质与原发性牙本质之间常有一条着色较深的线所分隔。
2.透明牙本质也称硬化性牙本质。当牙本质受到外界刺激后，除形成上述的修复性牙本质外，还可引起牙本质小管内的成牙本质细胞突起变性，然后有矿物盐沉着而封闭小管，这样可阻止外界刺激传人牙髓。此部分矿化的牙本质中，小管和周围的间质的折光性差别不大，在磨片上呈透明状，称为透明牙本质。
3.死区是牙齿因磨损、酸蚀或龋导致的牙本质小管暴露，小管内的成牙本质细胞突起逐渐变性、分解，小管内充满空气，在显微镜透射光下观察时，这部分牙本质呈黑色，称死区。此区的敏感度较低。这种改变常见于狭窄的髓角。因该处成牙本质细胞拥挤。死区的近髓端常有修复性牙本质形成。
