（1）角化层：为上皮的最表浅层，由角化或不全角化的扁平细胞组成。
（2）粒层：位于角化层的深面，棘细胞层的浅面，一般由2～3层扁平细胞组成。胞质中有嗜碱性透明角质颗粒。
（3）棘细胞层：位于粒层的深部，细胞体积大，多边形，由增生的基底细胞发育而来，胞质常伸出许多小的刺状突起，称细胞间桥。在透射电镜下观察，细胞间桥的突起相连为桥粒。构成桥粒的蛋白质主要有桥粒芯蛋白和桥粒胶蛋白。它们是一组跨膜蛋白，在黏膜上皮细胞间的黏附上起重要作用。在某些疾病如寻常性天疱疮，钙依赖性桥粒芯蛋白3成为自身抗原，诱发产生自身抗体，桥粒的结构受到破坏，上皮形成疱性病变。
（4）基底层：位于上皮层的最深面，是一层立方形或矮柱状的细胞。借基底膜与其下方的结缔组织相连。胞核卵圆形，染色深，有分裂繁殖能力，基底细胞和深部棘层细胞亦称生发层，能不断分裂增殖，可补充表层脱落的细胞。生发层的细胞含干细胞（stem cells）和扩增分化细胞（amplifying cells）。干细胞数量少，分裂形成基底细胞并维持上皮的增殖能力；扩增分化细胞数量多，来自于干细胞的分裂，再经多次分裂后分化成熟，不断向上皮表面移动并脱落于口腔中。口腔上皮的干细胞位于上皮钉突顶部的基底层细胞中。细胞器少，核质比例高，表达细胞角蛋白19、B1整合素和bcl-2蛋白。正常情况下脱落的细胞数量与新生的细胞数量保持平衡，如此平衡被打破，将产生上皮增生或萎缩性病变。
