（1）角化层：为上皮的最表浅层，由角化或不全角化的扁平细胞组成。
（2）粒层：位于角化层的深面，棘细胞层的浅面，一般由2～3层扁平细胞组成。胞质中嗜碱性透明角质颗粒。
（3）棘细胞层：位于粒层的深部，细胞体积大，多边形，由增生的基底细胞发育而来，胞质常伸出许多小的刺状突起，称细胞间桥。在透射电镜下观察，细胞间桥的突起相连为桥粒。构成桥粒的蛋白质主要有桥粒芯蛋白和桥粒胶蛋白。它们是一组跨膜蛋白，在黏膜上皮细胞间的黏附上起重要作用。医学`教育网搜集整理在某些疾病如寻常性天疱疮，钙依赖性桥粒芯蛋白成为自身抗原，诱发产生自身抗体，桥粒的结构受到破坏，上皮形成疱性病变。
（4）基底层：位于上皮层的最深面，是一层立方形或矮柱状的细胞。借基底膜与其下方的结缔组织相连。胞核卵圆形，染色深，有分裂繁殖能力，基底细胞和深部棘层细胞亦称生发层，能不断分裂增殖，可补充表层脱落的细胞。生发层的细胞含干细胞和扩增分化细胞。干细胞数量少，分裂形成基底细胞并维持上皮的增殖能力；扩增分化细胞数量多，来自于干细胞的分裂，再经多次分裂后分化成熟，不断向上皮表面移动并脱落于口腔中。口腔上皮的干细胞位于上皮钉突顶部的基底层细胞中。细胞器少，核质比例高，表达细胞角蛋白、β1整合素和bcl-2蛋白。正常情况下脱落的细胞数量与新生的细胞数量保持平衡，如此平衡被打破，将产生上皮增生或萎缩性病变。
2、非角质细胞口腔黏膜上皮层内尚分布着一些不参与上皮细胞增生和成熟的非角质形成细胞，包括黑色素细胞、朗格汉斯细胞及梅克尔细胞等。①黑色素细胞：位于口腔黏膜上皮的基底层，来自于神经嵴细胞。特殊染色见胞质有细长的突起，因此有人称之为树枝状细胞；胞质内含黑色素颗粒，并可通过其胞质突起将色素颗粒输送到邻近的角质形成细胞。在口腔黏膜中，牙龈、腭、舌等黏膜可出现较明显的色素沉着。黑色素细胞可成为口腔黏膜色素痣和黑色素瘤的来源。②朗格汉斯细胞：也是一种树枝状细胞，它位于口腔黏膜上皮的深部。医学`教育网搜集整理在透射电镜下观察时显示胞质内有特殊的朗格汉斯颗粒，它们的功能和细胞的表面特征与巨噬细胞很类似，是一种抗原呈递细胞，与黏膜的免疫功能有关。③梅克尔细胞：分布于基底细胞层内，可能来自神经嵴或上皮细胞。它们与上皮内的神经末梢关系密切，可能起触觉受体的作用。
