1、三叉神经痛：第三支易与舌咽神经痛混淆。用4%可卡因或1%邦托卡因喷射咽后壁或扁桃体区，若疼痛减轻可与三叉神经下颌支痛鉴别；
2、喉上神经痛：喉上神经为迷走神经的分支，该神经痛可单独存在，也可与舌咽神经痛伴发。疼痛发作常起自一侧喉部，该处常有明显压痛，如在该区行局麻，往往疼痛暂时缓解，可资鉴别；
3、中间神经痛：为一侧耳部剧痛，发作时间较长，常伴外耳道或耳廓疱疹医学|教育网搜集整理，有时可引起周围性面瘫。个别不典型仅表现为耳痛者，与表现为单纯耳痛的舌咽神经痛不易区别，这种情况手术时除切除舌咽神经外，还需切除中间神经；
4、继发性舌咽神经痛：疼痛为持续性，阵发性加重，无触发点，检查中可见患侧有某些舌咽神经功能障碍（如舌咽部感觉和舌后部味觉减退，咽反射迟钝，软鄂运动无力等）或其它阳性神经体征。头颅CT或MRI检查有局部病变发现。
1、药物：凡治疗原发性三叉神经痛的药物也可以应用于舌咽神经痛。常用药物有卡马西平、苯妥英纳、七叶莲和巴氯芬等。
3、神经阻滞：方法为经皮穿刺颈静脉孔射频治疗，适用于：①药物治疗无效或不能耐受药物不良反应者；②高龄或一般情况差，不能耐受开颅手术者；③合并多发性硬化的病例。此种治疗方法存在的主要问题为疼痛复发率高（23%-54%）及神经损伤导致的吞咽困难、饮水呛咳和声音嘶哑等。
4、手术：显微血管减压术是目前最安全、有效的外科治疗方法，其治愈率可达到99%.手术治疗适用于：①药物或经皮穿刺治疗失败者；②患者一般状况较好，无严重器质性病变，能耐受手术者；③排除多发性硬化或桥小脑角肿瘤等病变者。多数患者手术后疼痛即可消失，99%的患者可治愈。
