抗生素滥用是全球面临的风险，这个风险在中国尤为突出，不仅临床滥用情况严重，畜牧养殖业中抗生素的滥用状况更是不容乐观。抗生素的滥用和过度使用无疑将 富集或诱导出各种类型的耐药基因；这些耐药基因可能通过多种途径（如食物链）最终传递到人体中，而肠道这种细菌密度极高（1011-1012细胞/克肠内 容物）的环境又极大增加了基因横向转移的风险；一旦某些耐药基因转移到人体病原菌中，将使临床抗感染治疗面临更多新的挑战。该研究成果近期发表在 《Nature Communications》杂志上。
人体肠道中栖息着种类繁多的微生物，其数量超过人体自身细胞的10倍以上。这些微生物的基因组中（microbiome）蕴含大量的遗传信息，被称为是 “人体的第二个基因组（the second genome of human body）”。人体肠道微生物对人体肠道内营养物质的代谢、人体自身的发育、免疫及疾病的产生等方面起到极其重要的作用。例如，肠道微生物可以保护肠道上 皮细胞免受损伤，可以调控宿主脂肪的储存以及刺激肠道血管生成，阻止病原菌在组织中的定殖及促进免疫系统的发育和分化等。随着人们对肠道微生物认识的不断 加深，有关肠道菌群与人类健康的关系的新的热点问题也不断被提出。例如，近来有研究者认为人体肠道微生物是抗生素耐药基因的“储存库”树图思维导图`搜集整理。然而，这一问题并 没有被深入揭示。
朱宝利课题组胡永飞、杨犀等对来自三个不同国家（丹麦、西班牙、中国）的162个健康人肠道微生物元基因组（Metagenome）中的耐药基因进行了深 入分析。研究首先建立了一个含有四百万个人体肠道微生物基因的数据集，随后从该数据集中鉴别出1093个耐药基因。通过与其它8个不同环境元基因组的比较 分析发现，人体肠道微生物中耐药基因的比例最高。此外，与其它人体肠道微生物的功能基因相比，耐药基因更倾向于存在某些特定的细菌门，如变形菌门。
研究进一步将1093个耐药基因分成149个不同的耐药基因型；中国人肠道中含有70个耐药基因型，丹麦人45个，西班牙人49个。随后利用高通量测序原 始数据对所有耐药基因的相对丰度进行计算，结果显示中国人肠道微生物耐药基因的丰度最高，西班牙人居中，丹麦人最低。对耐药基因单核苷酸多态性的聚类分析 表明中国人肠道耐药基因不同于丹麦和西班牙人，而后两者同属于欧洲国家。这种差异可能一方面由于肠道菌群的差异造成，另一方面很可能归咎于不同地域抗生素 使用的偏好性不同。
进一步分析发现，无论在哪个国家人群中，四环素耐药基因型的丰度都是最高的。研究随后构建了3个健康人肠道元基因组的Fosmid文库（20万克隆），并 利用不同的抗生素对文库进行筛选，结果同样证实具有四环素抗性的克隆数比例最高。接下来，研究对欧洲20个国家近10年抗生素的使用情况进行了统计，结果 表明四环素类抗生素一直以来在动物中的使用量（包括畜牧养殖）显著高于其它抗生素，而临床上使用量很少。因此，人体肠道微生物中的耐药基因（尤其是高丰度 的耐药基因）很可能与兽用抗生素相关。遗憾的是，我们没有拿到中国抗生素使用情况的官方数据。
跟欧洲医生相比，内地医生倾向开出较多抗生素。但更严重的问题是，内地对抗生素于家禽养殖场丶养鱼业及养猪场的使用也毫无规管。
有专家认为，内地普遍存在滥用抗生素的情况，可能大大增加超级细菌蔓延的风险。
最近有研究发现，内地人肠道内存在的微生物耐药性基因，数量远多于欧洲人。有专家认为，这是因为内地医生滥开抗生素，加上农民和食品生产商广泛使用抗生素所造成。
这意味着药物可能无法治愈严重的传染病，从而导致传染病迅速扩散。
最近一期的科学杂志《自然通讯》（Nature Communications）就发表了这个研究结果。该研究发现，内地人肠道内微生物基因对70种主要抗生素存在耐药性，但西班牙人和丹麦人肠道内的微生物基因就分别对49种和45种主要抗生素存在在耐药性。
尽管滥用抗生素是一个全球性问题，但这个研究却首次提供了确实证据，证明这个问题在内地特别严重。
港大微生物学家专家何柏良说，肠道内环境有利细菌繁殖。肠道内基因越具耐药性，出现超级细菌的机会就越高。
何柏良指出，内地人均抗生素使用量高居世界前列，而丹麦则是抗生素人均使用量最低的国家之一。
他说，这么多人肠道内有耐药性细菌，情况可谓非常危险。他说，细菌可以在感染一个人之后，迅速传染给其他人，情况若持续，现有抗生素将无法有效治愈传染病。
负责这项研究的中科院微生物研究所研究员朱宝利表示，最多被滥用的抗生素包括：四环素丶青霉素丶阿莫西林及红霉素。
朱宝利与何柏良看法相同，也认为滥用抗生素会增加超级病菌出现的机会。
他说，跟欧洲医生相比，内地医生倾向开出较多抗生素。但更严重的问题是，内地对抗生素于家禽养殖场丶养鱼业及养猪场的使用也毫无规管。
他说，耐药性细菌可以轻易由动物传染给人类，但谁也不知道农民为了减少家畜患病率及提高产量，每年会给家畜喂食多少抗生素。
朱宝利说，欧盟当局提供的数据显示，欧洲农场使用四环素，导致欧洲家畜体内出现耐药性细菌。
朱宝利说，官员在得知他们研究内容后，就拒绝提供任何数据。他说，部份些官员担心，一旦研究结果造成恐慌，他们会被免职。
