治疗细菌性疾病的药物包括抗生素和化学合成药物，其中主要作用于革兰阳性菌的有青霉素G、普鲁卡因青霉素和青霉素Ⅴ、大环内酯类（红霉素、麦迪霉素、乙酰螺旋霉素、柱晶白霉素和克拉霉素、阿齐霉素等，后两者对军团菌、分支杆菌、支原体、衣原体等多种病原微生物亦有良好作用）、林可（和克林）霉素、万古霉素和复方磺胺药（新诺明与甲氧苄啶合剂SMZ-TMP、磺胺嘧啶与甲氧苄啶合剂SD-TMP）。作用于耐药金葡菌的抗生素有：①作用于产青霉素酶金葡菌者，如苯唑青霉素、氯唑西林、头孢噻吩、头孢唑啉、林可霉素、克林霉素、氨基糖甙类、氟喹诺酮类、利福平、磷霉素等；②作用于耐甲氧西林葡萄球菌者有万古霉素、利福平、复方新诺明、奈替米星等医学|教育网搜集整理。
主要作用于革兰阴性杆菌的抗菌药物有氨基糖甙类（卡那霉素、庆大霉素、阿米卡星等）、半合成青霉素类（氨苄西林、阿莫西林、羧苄西林、哌拉西林等）、第二代头孢菌素如头孢呋新、第三代头孢菌素（头孢噻肟、头孢曲松、头孢他啶、头孢哌酮等）以及氟喹诺酮类（环丙沙星、氧氟沙星等）。作用于绿脓杆菌和其他假单胞菌的有氨基糖甙类、半合成青霉素（羧苄西林、哌拉西林、阿洛西林等）、头孢他啶、头孢哌酮、氨曲南（aztreonam）、亚胺培南（imipenem，临床所用者为其与cilastatin的合剂，称为tienam）、及氟喹诺酮类等。
作用于厌氧菌的药物有甲硝唑、克林霉素、青霉素G（对类杆菌属无效）、氯霉素、哌拉西林、tienam等。
主要的抗结核药有链霉素、利福平、异烟肼、对氨水杨酸、乙胺丁醇、环丝氨酸、吡嗪酰胺、乙硫异烟胺或丙硫异烟胺等。
