口腔内有多达350多个菌属，其中大多数为厌氧菌或兼性厌氧菌，一部分为需氧菌。唐安尧等报告45例感染根管细菌分离情况，结果厌氧菌株有159株，占66.5％；需氧菌80株，占33.5％。并对45例感染根管进行细菌分类，其中需氧菌与厌氧菌单独感染的各3例，各占6.67％；而需氧菌与厌氧菌混合感染的有39例，高达86.7％。
在分离的239株细菌中，若以革兰氏染色分类，阳性有131株，占54.81%；阴性有108株，占45.19%。因此，在治疗牙髓病感染使用抗生素时，应选用抗厌氧菌与抗需氧菌的药物联合组成方剂，以杀灭混合感染的细菌。在选用抗需氧菌抗生素时，应考虑到有存在革兰氏阳性菌和阴性菌同时感染的可能，故需选择一种广谱的抗生素，或选择具有抗革兰氏阳性菌与抗革兰氏阴性菌的两种抗生素联合使用，才能达到良好的治疗效果。
将两种以上抗生素联合使用，应根据抗生素的抗菌谱和可能感染的细菌种类综合考虑，在条件允许时应作细菌培养及药敏试验。联合用药的结果除了有协同作用外，如选药不当还可能产生无关、累加或拮抗（antibiosis）作用，尤其是后者，将会影响治疗延误病情。此外，有的抗生素针剂放在同一瓶液体或同一注射器中混合使用，除了会降低抗生素的效价外，还可能产生化学反应，出现混浊或沉淀等结果，属配伍禁忌，应予重视。
不同类型的抗生素，其作用范围亦不同。因此，在选择抗生素时应注意抗生素的作用机理，才能合理用药。就抗菌谱而言，青霉素类、头孢类抗生素主要抗革兰氏阳性菌及抗少数革兰氏阴性菌；氨基糖甙类、氯霉素类主要抗革兰氏阴性菌及少数革兰氏阳性菌；四环素类、大环内酯类为广谱抗生素，既可抗革兰氏阳性菌，又能抗革兰氏阴性菌；而多粘菌素则仅对部分革兰氏阴性菌有效。
抗生素有杀菌性及抑菌性两类，繁殖期杀菌剂有：青霉素类、头孢类、万古霉素、多粘菌素类等。静止期杀菌剂有：氨基糖甙类、多粘菌素类等。抑菌剂有：氯霉素类、四环素类、大环内酯类、磺胺类。
一般认为，两种杀菌性抗生素联合常有协同作用，两种抑菌性抗生素联合常呈累加作用；杀菌性与抑菌性抗生素联合，可能产生协同作用；也可能产生拮抗作用(见表8)。
此外，某些抗生素在酸碱性环境中可产生不同效果。例如，氨苄青霉素、庆大霉素在酸性环境中均会降低效价。维生素C属酸性药物，有研究认为，庆大霉素与维生素C合用，可使前者在2小时内损失效价50%。因此，上述两种抗生素均不能与维生素C合用，更不能在同一个液体瓶中混合使用。
