治疗原则同血友病甲，主要为FⅨ的替代治疗。主要制剂有新鲜血浆或新鲜冰冻血浆、凝血酶原复合物、高度提纯的FⅨ和重组FⅨ。FⅨ半衰期为18～24h，应每12～24小时输注1次才能维持血液FⅨ水平，严重出血或手术患者应12小时1次。与FⅧ不同，输注后的FⅨ约50%弥散至血管外，弥散半衰期约5h，因而输入FⅨ的回收率约50%，每kg体重输注1个单位（U）患者FIX水平仅提高1%，期望将FIX提高到与FⅧ一样水平，输入FⅨ剂量应增大1倍。可按下述公式计算：需输FⅨ量（U）=（期望FⅨ水平-患者现有FIX水平）×体重（kg）。如患者体重50kg，期望FIX达到20%，原FⅨ为0，则需FⅨ=（20-0）×50=1000U.达到此要求需输血浆1000ml，全血约2000ml，心脏负荷过重，因而血浆和全血均不是治疗的理想制剂。凝血酶原复合物含FⅡ、FⅦ、FⅨ和FⅩ，含量标定以FⅨ为准。FⅨ剂量单位（U）的定义与FⅧ相同，即1U相当于平均正常新鲜血浆1ml所含的FⅨ。凝血酶原复合物在制备过程中部分凝血因子已被激活，可能导致血栓形成和DIC，国产凝血酶原复合物制剂中已加入一定量的肝素。激活的凝血酶原复合物（制备过程中加入了控制激活的工序）能治疗FⅧ抑制物和FⅨ抑制物这与含有部分激活的因子能旁路激活FⅩ有关。
国外已有高纯度的FⅨ制剂和重组FⅨ，没有凝血酶原复合物引起血栓形成和DIC的危险。
各种出血情况下替代治疗需达到的FⅨ期望水平、替代治疗维持时间以及应输注的FⅨ量。只是输注剂量应是FⅧ剂量的1倍。
治疗副作用如同血友病甲树图思维导图`搜集整理，可能出现的并发症为血液传染病毒的传播，如肝炎尤其乙型肝炎和丙型肝炎。艾滋病毒的传染曾是国外未采取病毒灭活前血友病患者的严重并发症。国内生产的凝血酶原复合物已进行了病毒灭活。输注反应如发热、寒战和皮疹等可能发生。反复替代治疗可使血友病乙患者产生同种抗体，但发生率远低于血友病甲，估计约为3%.
