尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。
（1）生殖器部位癌：皮损较硬，边界不清，鳞状上皮瘤有明显的向深部浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。尖锐湿疣一般呈乳头状生长，病变浅表，很少浸润面。
（2）扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。扁平湿疣多发生于肛周及外生殖器周围，基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。详见梅毒部分。
（3）假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇，在成年女性的小阴唇内侧上出现鱼卵状或细小绒毛状、排列规则的增生物，互不融合，长期不变，醋酸白试验阴性。
（4）生殖器鲍温样丘疹病：本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm.临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。作出这一诊断必须是专科医师。
（5）珍珠样丘疹病：发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。米粒大小、圆顶、平滑，互不融合，长期不变。
（6）皮脂腺异位症：丘疹在粘膜内无重叠生长，多为淡黄色。
（7）传染性软疣：单个不融合的皮色半球形丘疹，周围光滑，中央可挤出软疣小体。医学教育|网搜索整理
（8）软下疳：外生殖器皮肤损害为不规则形溃疡，伴痛性横痃。溃疡面渗出物涂片可能查到杜克雷杆菌。
尖锐湿疣的诊断辨认多靠医生的临床经验，但由于性病在我国绝迹多年，临床医生的经验有限，难免有判断失误的情况，据报告有些基层医院的误诊率可达50～80%；尖锐湿疣多位于大小阴唇内侧、阴道口及肛门部位，病变呈淡红、鲜红或暗红色米粒大或豆粒大突起的疣状增生物，疣体湿润、柔软，可单个或多个并存，有时呈菜花样典型皮损。与尖锐湿疣相类似的疾患还有假性湿疣或绒毛状小阴唇，后者多见于小阴唇内下侧，刺状突出物与阴唇颜色相仿，状似天鹅绒一般，但病人多无症状，只是白带增多。其他容易误诊的还有处女膜赘状物、扁平湿疣（二期梅毒疹）、皮脂腺增生等。
要准确辨别这几种不同疾患，十分实用而简便的办法就是醋白试验，即用5%冰醋酸液涂在病变部位，3分钟后疣体发白者为尖锐湿疣，否则另当别论。或以浸有3～5%冰醋酸溶液的纱布包在可疑病变处3—5分钟，若患处变白，则说明是亚临床感染。
还可以做碘黄试验，即用鲁戈氏液涂后3分钟，发黄者可以确诊为尖锐湿疣。当然更可靠的办法是做组织病理学检查。近两年，国内杂志已有多篇报告谈到假性湿疣的鉴别诊断问题，特别提到醋白试验。但组织病理学检查的诊断也并非易事，有时也很难确诊，仍然有赖于检验者的业务水平和经验。本病的明确诊断有赖于有效的病毒培养系统的建立、组织免疫化学和分子生物工程。
