宋初编成的《太平圣惠方》100卷中，眼科两卷总结了宋以前的眼科成就，并有所发展。将所收载的500多首处方按主治证候分类，而且对每类证候的病因病机都作了扼要的阐述。眼科五轮学说在该书首次见到运用，并以“眼通五脏，气贯五轮”强调了眼与整体的密切关系。书中除对内治和外治的大量记载外，对金针拨障等手术的介绍也比较详细。
此后一百多年，又有《圣济总录》，全书200多卷，有论有方。眼科部分在《太平圣惠方》的基础上加以扩充，写成12卷，包括眼病58门，手术2门，记载眼病用方750多首，内容较为丰富。至于眼科用药，见于宋代著名官方药书《重修政和经史证类备用本草》者，就有180多种，其中还吸收了一些外来药物，如没药、龙脑香等。
元代危亦林编《世医得效方》，其中眼科一卷，首先重点阐述了五轮八廓学说，其次分别叙述眼科72证的证治，内容简明扼要而实用。
由宋元医家辑成的《秘传眼科龙木论》，是一本著名的眼科专书。全书分10卷，卷1—6主要载列眼科“七十二证方论”，每证方论以下附有“审的歌”；卷7为诸家秘要名方；卷8为针灸经；卷9—10为诸方辨论药性。书中主要内容是按内、外障分类记叙72种眼病的病因、症状和治疗，并介绍了古代金针拨内障以及钩、割、镰、洗等手术方法，对后世很有影响。正文10卷之后，另附有《葆光道人眼科龙木集》，其主要部分是“眼科七十二问”，具体内容与前面“七十二证方论”并不相同。此外，它在“五轮”之后，首次较详细地述及眼科“八廓”，虽然八廓不如五轮学说有影响，但是仍有一定的参考意义。
《银海精微》为宋以后的人托名孙思邈撰成的眼科专书。该书首先叙述了五轮八廓学说和中医眼科辨证的一些基本理论，接着列叙了80余种眼病的病因、症状和治疗，并附有眼病简图。此外，还初步介绍了按五轮检查眼病的顺序和方法。此书辨析证情比较明白，内治的不少方药也比较精简实用，外治还采用了点、洗、剧、烙、夹等法，对金针拨障（开金针）的手术方法描述尤详。
金元时代，医学流派主要以刘完素、张从正、李呆、朱震亨四大家为代表。刘完素强调火热为病的学说。在眼科方面，他认为眼目赤肿翳膜皆属于热，主张降心火，滋肾水，用药偏重寒凉。张从正继承刘氏主火之说，并有所发展。在眼科方面，他认为目不因火则不病，能治火者一句可了，治病主张以祛邪为主，善用攻下法。李呆提倡内伤学说。在眼科方面，他认为脾虚影响五脏六腑的精气不能上贯于目，则目不明，因而治眼病要理脾胃，养气血才是正理。朱震亨认为相火为元气之贼，阴虚则火动，治病重用滋阴降火之法。在眼科方面，他认为眼病不外虚实二因，眼目昏花属肾水亏虚，眼目肿痛属肝经风热，内治虚者宜滋肾阴，实者当散风热，虚实相兼者则散热滋阴。以上四家学说虽各有所长，但也离不开辨证论治的原则，后人合理运用，进一步丰富了眼科的理论和实践。
宋代开设太医局从事医疗及医学教育。下分九科，其中开设了眼科。从此，历代眼科皆独立成科。
综上所述，由于宋元时期的发展，中医眼科已逐渐形成了本学科的理论体系与诊疗特点，所以有了分化为专科的条件。眼科独立之后，学有专攻，又大大地促进了中医眼科学术和技术的发展。
