临床研究错合畸形病因，比较容易理解的是后天因素的作用。后天因素指的是出生后由环境因素以及其他尚未预测的因素造成。
1.某些急性及慢性疾病 急性及慢性疾病都对身体健康有影响，尤其在儿童时期更能影响合、颌、面以及全身的生长发育。
多发于儿童时期，侵犯上皮系统并伴有高热的出疹性急性传染病，如麻疹、水痘、猩红热等，能使同源于上皮系统的造釉器萎缩，釉质形成作用减弱，引起牙釉质发育不全，影响牙齿的形态。患急性高热性疾病时，若服用四环素类药物，可使牙齿变色或牙体缺损，影响美观。
消化不良、胃肠炎、结核病、小儿麻痹症等慢性长期消耗性疾病，能降低食物的同化作用和破坏机体的营养状况，妨碍颌骨的生长发育，造成错合畸形。
2.佝偻病 佝偻病是常见于婴幼儿的慢性营养不良性疾病，以骨发育异常为特征。这种疾病是由于婴幼儿紫外线照射不足，维生素D缺乏而使食物中钙磷摄入失去平衡，钙质不能正常沉积在骨骼的生长部分，以至骨骼发生变形。颅骨在婴幼儿时期生长很快，钙化不足，则可使颅骨内板变薄，发生佝偻病性颅骨软化，额骨、顶骨及枕骨都向外隆起，于是发生方颅现象。它表现在囟门特大，其边缘可有软化骨；骨缝宽，肌肉松弛。颌骨畸形的表现晚于头颅畸形，主要表现上颌弓狭窄，腭盖高拱，上前牙拥挤、前突和开合等。此外，还可能导致乳牙及恒牙萌出迟缓。
据调查，患佝楼病的儿童，约70.8%有不同程度的错合畸形。由于生活条件的改善及生活水平的提高。严重的佝楼病已比较少见，但轻型的患者却相当多，应予以足够的重视。
3.内分泌功能异常 在各种内分泌腺体中，与错合畸形有密切关系的是垂体和甲状腺等，它们的功能直接影响到骨骼的生长发育。
垂体是直接调节骨生长发育的内分泌腺，在发育期，其功能的亢进或不足时，骨骼形态将产生明显的变化。垂体功能亢进，造成垂体性巨大症，表现为在骨骺融合前，如产生过量的生长激素，可使骨骺端发育异常，身高远远超过正常范围，成为垂体性巨大畸形症。如在骨骺融合之后才发病，则表现以骨的末端肥大为特征的肢端肥大症，多见于成年人。患者呈特殊面貌，前额，颧骨及下颌均显前突，上下颌牙弓发生错位，严重者可能成为全牙弓反合；舌体过大而出现牙间隙；牙齿萌出过早，牙齿呈灰黄色，恒牙牙根吸收。垂体前叶功能不足，可引起垂体性侏儒症。它表现为患儿外观比实际年龄小，骨骼发育明显迟缓；身体矮小，头大，手足小；下颌骨较小，牙弓狭窄，腭盖高拱；牙齿萌出迟缓，乳牙根吸收缓慢，乳牙根滞留；恒牙发育迟缓，髓腔及根尖孔大，牙体小而变色，牙根短小，牙槽骨发育不全。
甲状腺和垂体共同参与骨骼的生长发育，甲状腺的功能对牙齿和颌骨的发育影响较大。甲状腺功能亢进时，表现为眼球突出，心率增快，震颤和肌无力；乳、恒牙均早萌，乳牙根吸收缓慢，乳牙滞留；牙齿呈青白色。甲状腺功能不足时，表现为神情呆滞；口常张开，舌伸出口外，肌张力低；头颅大而短小，前囟门的闭合及骨骼的生长迟缓；牙弓狭窄，腭盖高拱，下颌发育不足；牙齿拥挤错位，牙齿萌出迟缓，萌出次序紊乱，乳牙滞留，恒牙根吸收，牙齿发育不良，牙槽骨钙化不全等。
4.营养不良 胚胎期母体的营养不良和生后的营养不良，都会影响儿童颌面部的生长发育。儿童在生长发育时期，需要各类维生素、蛋白质、脂肪、碳水化合物及必要的矿物质等营养物，才能促进身体各部分的正常生长发育；若发生营养障碍，除全身呈现出不同的症状外，颌面部也会受影响。
维生素A缺乏时，牙齿萌出迟缓、乳牙滞留、牙体发育不良、釉质基质的形成及钙化均受阻，产生髓石及牙本质球间隙，严重时牙本质无小管而含有血管，牙呈白垩色。
维生素B缺乏时，常有唇炎、口角炎、舌乳头肥厚或裂痕，牙齿颌面生长停滞，牙槽嵴萎缩等症医学|教育网整理。单纯维生素B2缺乏时可能与腭裂的发病有关。
维生素C严重缺乏时，可引起坏血病。牙龈出血、水肿与充血、牙体发育不良，造成牙本质细胞退化，严重时失去造牙本质的能力和牙槽骨萎缩。放射线显示，长骨中的成骨作用停止。因此，放射线对诊断有帮助。
维生素D缺乏时，身体中钙磷代谢失常，能引起佝偻病，影响颌骨的正常发育。
诚然，在我国因食物摄入不充分所致的营养不良已非常少见，但因吸收不良所导致的营养不良，则时有发现。所以，只单纯摄取高营养价值的食物是不够的，还必须依据自身的咀嚼力，摄入较粗糙有一定硬度的食物，以利于咀嚼器官的发育。虽然无单纯营养不良引起的典型错合畸形，但充足而全面的营养能促进正常生长，并在维持良好的人体健康和口腔卫生等方面起重要作用。
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