（1）早期亚临床期：即由发病开始至亚临床肝癌诊断成立。如从AFP在积压中最早出现异常算起，中位时间约为10个月（实际可能更长），即肿瘤长至目前定位手段能测出（即1～2cm）前所需时间。此期间除AFP低浓度上升无任何异常可见。早期诊断与定位仍困难。
（2）亚临床期（Ⅰ期）：即由亚临床期肝癌诊断成立至症状出现（约8～9个月）原发性肝癌。此期亚临床肝癌的患者没有任何症状和体征，诊断主要依靠检测AFP和B型超声波、CT检查等。此期肿瘤较小，手术切除的机会多，约90%可获早期肿瘤切除，切除后5年生存率可达90%左右，提示多数病例其疾病仍处于可治愈阶段而无明显扩散。
（3）中期（Ⅱ期）：指由症状体征出现到黄疸、腹水或远处转移的出现，约4个月。此期各项检查如酶学、肝功能、核素扫描等绝大多数均出现异常，故诊断已无困难。此期病人手术切除及5年生存率均只有20%左右，提示大多数病人已有肿瘤扩散。B超和CT检查均能发现门静脉支内已有癌栓。此期肿瘤中位直径已达9～10cm.
（4）晚期（Ⅲ期）：指黄疸、腹水、远处转移的出现至死亡，仅约2个月。此期已缺乏有效延长病人生命的治疗方法。门静脉主干癌栓对不可逆的疾病过程起重要作用。
因此，原发性肝癌有一个相当长的自然病程，至少2年以上。因血中出现AFP异常时，肿瘤已发展到一定大小，实际上肿瘤的发生时间应当更早。
