牙周脓肿的治疗一直是个难题。17世纪时路易十四以混合的牛奶和面包软化，引流牙周脓肿（González-Iglesias 1990）。急性牙周脓肿的治疗包括两个阶段：控制急性病损；急性期控制后，恰当处理原发或遗留病损（Ammons 1996）。如果牙齿严重受累，预后较差，拔牙可能是最有效的（Smith Davies 1986，Ammons 1996）。龈脓肿的治疗包括：认真清除异物（Abrams Kopczyk 1983），龈沟内刺破引流脓肿，温盐水漱口，24-48小时后复诊（Gillette Van House 1980，Ahl et al.1986）。牙周脓肿的治疗步骤包括：经牙周袋引流，洁刮治牙面和软组织袋壁，消毒盐水冲洗，治疗后温盐水漱口；24～48小时后复诊；1周后，开始牙周阶段治疗（Ammons 1996，Ahl et al.1986）。有时需切开或翻瓣引流，并局部使用消毒防腐剂（Carranza 1990，Ammons 1996）。
牙周脓肿是否需全身使用抗生素治疗仍有争议。一些学者不赞成全身使用抗生素，除非全身症状明显（Lewis MacFarlane 1986，Ammons 1996，Ahl et al.1986），有必要预防性用药（Ammons 1996），或感染不局限（Ammons 1996）。另一些学者提倡在无法充分引流时，如肿胀弥散、疼痛剧烈的大脓肿（Lewis MacFarlane 1986），可首选全身抗生素治疗。抗生素的种类与使用疗程也存在争议。一些学者认为短期使用抗生素疗效良好（Lewis MacFarlane 1986，Martin et al.1997）。一些学者主张基础治疗（切开、引流、洁刮治）后辅以抗生素（Galego-Feal et al.1995）。切开引流联合全身使用青霉素已取得很好疗效（Genco 1991）。青霉素是英国治疗牙周脓肿的首选药物，有57%牙医使用它，其次是阿莫西林（21%）和甲硝唑（14%）（Lewis et al.1990）。
Hafstrom et al.（1994）提出了一种可保持更多牙周附着的保守治疗方案。即牙周袋引流后，消毒盐水冲洗，同时仅进行龈上刮治，服用四环素2周（1g/d）。此方案被用于20例脓肿，并追踪观察疗效（13例追踪180天，7例追踪42天）。结果令人满意，牙周袋探诊深度平均减小4.3mm，附着平均增加3.8mm.作者得出两个结论：第一，建立引流很重要（最初4例脓肿没有引流，仅单纯服用抗生素，结果40天内2例复发）；第二，避免龈下刮治可以加速组织再生。
Smith Davies（1986）观察了62例脓肿。其中22例在急性期被切开引流，同时全身应用甲硝唑（200mg，tid，5d）。急性期后，进行了系统牙周治疗，包括口腔卫生措施，洗必泰含漱，洁刮治和根面平整，必要时还予以手术医学|教育网|整理。3年追踪后，22颗治疗牙中14颗因牙周原因被拔除，仅有8颗得以保留。
顽固性牙周炎患者常发生脓肿。Fine（1994）报道了3名每年遭受3～6次脓肿的病人。对他们进行全口洁刮治，并依据龈下微生物培养和药敏试验合理选择抗生素全身治疗。这3名患者的治疗都获得了成功。Palmer（1984）报道了1例口服青霉素治疗成功的急性牙周脓肿，受损组织得到了完全的再生。此病例可能存在异物嵌塞，消除异物并辅以抗生素使得病损完全消退。
慢性牙周脓肿有时需切龈或翻瓣治疗（Carranza 1990），尤其那些伴有较深垂直性骨吸收的病例，只有手术才能缓解脓肿（Kareha et al.1981）。外科手术也用于预防性洁治后出现的脓肿，手术可消除龈下残余牙石，建立引流。2例病例报道证明了这种治疗的有效性（Dello Russo 1985）。翻瓣进行深部刮治，同时使用强力霉素冲洗也在超过50例患者身上取得良好疗效，但是科学数据不足（Quteish-Taani 1996）。
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