需长期、系统治疗。应尽可能地多次进行大便培养及细菌药敏试验，必要时进行乙状结肠镜检查，作为选用药物及衡量疗效的参考。
1.抗生素的应用 首先要抓紧致病菌的分离鉴定和药敏检测，致病菌不敏感或过去曾用的无效药物暂不宜采用。大多主张联合应用两种不同类的抗菌药物，剂量充足，疗程须较长且需重复1～3疗程。可供选用药物同急性菌痢。
2.菌苗治疗 应用自身菌苗或混合菌苗，隔日皮下注射一次，剂量自每日0.25ml开始，逐渐增至2.5ml，20天为一疗程。菌苗注入后可引起全身性反应，并导致局部充血，促进局部血流，增强白细胞吞噬作用，也可使抗生素易于进入病变部位而发挥效能。此外，也可试以噬菌体治疗。
3.局部灌肠疗法 使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。常用的药物为5%大蒜浸液100ml或0.5%～1%新霉素100～200ml，每日1次，10～15次为一疗程。有人主张灌肠溶液中加入0.25%普鲁卡因、氢化可的松25mg，或可提高疗效。
4.肠道紊乱的处理 可酌情用镇静、解痉或收敛剂。长期抗生素治疗后肠道紊乱，可给乳酶生或小剂量异丙嗪、复方苯乙呱啶或针刺足三里医|学教育网搜集整理。也可以0.25%普鲁卡因液100～200ml保留灌肠，每晚1次，疗程10～14天。
5.肠道菌群失调的处理 限制乳类和豆制品。大肠杆菌数量减少者可给乳糖和Vitc，肠球菌减少者可给叶酸。可服乳酶生（含厌氧乳杆菌）4～6g，或枯草杆菌片剂（每片含菌50亿），或枯草杆菌溶液100～200ml（每ml含活菌3亿）灌肠，每晚1次，疗程2～3周，以促使厌氧菌生长，重新恢复肠道菌群平衡。培菲康和丽珠肠乐也可调整肠道菌群，前者成人3～5粒/次，后者2粒/次，皆每天2～3次。
慢性菌痢的治疗效果尚欠满意，如有显著症状而大便培养阳性，则需隔离治疗医|学教育网搜集整理。此外，应追查促使转为慢性的诱因，例如是否有寄生虫病、胃炎等加杂症，对有关伴发病进行适当的治疗，鉴于慢性菌痢病程较长，其急性症状常有自然缓解倾向，因此，必须反复进行大便培养，才能判断治疗效果。
