1.直接涂抹染色（DT）法传统的结膜刮片和宫颈拭子经姬姆萨或碘染色检查上皮细胞浆内有无包涵体是衣原体检查常用的筛选试验。如果操作和标本采取得当，其特异性强，结果可靠，但敏感性差，尤其是碘染色，只能检查含糖原的包涵体。
2.细胞培养法用于衣原体培养者，常用经放线菌酮处理的单层McCoy细胞。经孵育后，用荧光标记的抗体、酶结合的单克隆抗体、碘或姬姆萨染色，胞浆中出现特征性的包涵体，即可考虑有衣原体的存在。本法的敏感性为80%～90%.由于细胞培养法费时费力，且条件和技术要求较高，不能作为临床常规检查方法，因此不适用于大规模筛选及流行病学调查。
3.酶联免疫吸附试验（ELISA）ELISA是用来检测临床标本中衣原体抗原的一种有效方法。所用抗体多为衣原体属脂多糖单克隆或多克隆抗体，特异性强。本法对婴儿结膜炎检测的敏感性和特异性分别为88%和94%，鼻咽部感染检出率和特异性分别为87%和92%.以此法检测1529例生殖道标本，并与培养法结果比较，其敏感性男性为91%，女性为88%；特异性均为99%.本法具有简便快速的特点，适用于大量标本的检测，但与细菌有交叉反应，可出现假阳性，尤其是鼻咽部标本。
4.直接免疫荧光法（DFA）本法简便、快速、特异性好，敏感性和特异性随标本部位及人群而异。新生儿结膜炎的阳性率达100%，（而组织培养为94%）鼻咽部标本的敏感性为85%，特异性为75%.宫内膜和输卵管等部位的标本较培养法敏感。它还用于精液、直肠及因运输或保存不当使衣原体失活标本的检测。用多克隆荧光抗体检测可诊断衣原体感染，但不能区别其类型，单克隆荧光抗体可直接定型，识别的是沙眼衣原体的原生小体，而非较大且少见的细胞内包涵体。荧光显微镜的质量和操作技术均可影响结果。对操作熟练者来说，本法的敏感性和特异性至少和ELISA相同。DFA可代替细胞培养法，以筛选生殖道感染中等至高度流行的年轻人群及确诊有症状的新生儿结膜炎。
5.斑点免疫结合法（DIBA）本法是以微孔薄膜作固相载体，吸附抗原后进行的抗原抗体反应，在膜上出现着色斑点为阳性结果。其敏感性为100%，特异性为92.4%.与细胞培养法比较，其符合率为96.7%.DIBA适用于大批量标本的检测，但结果需3天。
6.核酸探针随着分子生物学技术的发展，DNA杂交技术已进入衣原体检测领域。以82S标记7Md质粒制备的探针，检出Ct的敏感性和特异性分别为91%和80%.用沙眼衣原体性病淋巴肉芽肿（LGV）-Ⅱ的质粒DNA和LGV-I的染色体DNA作探针，可特异性地检测沙眼衣原体的15个血清型抗原，而与单纯疱疹病毒（HSV），淋球菌等41种微生物无交叉反应。检测范围可达10～100pgDNA.用血清学、单克隆抗体及组织培养鉴定为阴性的某些标本，用DNA探针检测可得到阳性结果。用沙眼衣原体TE-55株全DNA制备分子探针，能特异性地检出衣原体的15个血清型。该探针具有特异性高，敏感性强，完全有可能用于衣原体的临床诊断和分子流行病学调查。原位DNA杂交用于宫颈刮片和直肠活检标本，其结果与培养相似。但也有认为，在生殖道标本检测中，DNA探针不够敏感，特别是培养为弱阳性的标本。
7.聚合酶链反应（PCR）PCR是近年发展起来的新技术，能使核酸分子按几何级数扩增，使样品中极微量的核苷酸分子迅速地扩增，然后通过核酸分子的检测获得极敏感的结果。PCR简便快速，具有高度的敏感性和特异性，且可同时从标本中直接鉴定衣原体的种和型别。从7.5Kb质粒ORF-3选择了一对具有种特异性引物，经40次PCR循环，电泳检测的灵敏度达10-17gDNA.
