膈下脓肿起始于感染，如能积极治疗使炎症逐渐消散，则能预防脓肿形成。因此，半卧位、胃肠减压、选用适当之抗菌素、以及加强支持疗法等都是预防形成脓肿的治疗。一旦形成脓肿必须及早手术引流。以防膈下脓肿穿破膈肌形成脓胸，或破入腹腔再次形成弥漫性腹膜炎，穿破附近血管引起大出血等。手术前一定确定脓肿的位置以便选择引流的切口和进路。手术避免污染胸腔和腹腔，并给以输血等支持治疗，保证病人顺利渡过手术关并及早痊愈。
膈下脓肿常用之手术引流途径有：经前肋缘下部，后腰部、及侧胸部三种。
①经前肋缘下部引流是最常用之途径。优点是此途径较安全，缺点是膈下脓肿多数偏高偏后，从前壁引流不易通畅，目前加用负压吸引可弥补其不足。对位置较前的脓肿，此手术进路最为理想。方法是局麻下作前肋缘下切口、切开皮肤和肌层显露腹膜后，用长9号针穿刺以确定脓腔位置，若靠上可在腹膜外向上分离至接近脓腔部位，再穿刺抽出脓液后沿穿刺针进止血钳以扩大引流口，吸尽脓汁，置管引流。若脓肿在切口附近，可直接引流，不要进入腹膜腔去分离脓肿周围之粘连，以防浓汁进入腹腔造成腹膜炎。
②经后腰部引流途径：此途径适用于左右膈下靠后部的脓肿医`学教育网搜集整理，即使是右肝上间隙靠后的脓肿，也可采用此引流途径。，方法是在局麻下沿第十二肋做切口，在骨膜下切除第十二肋，平第一腰椎棘突平面横行切开肋骨床，然后进入腹膜后间隙，用粗针穿刺找到脓腔，再用手指插入脓腔排脓。手术尽可能在直视下进行，避免误入胸腔。
③经侧胸部引流：适用于右肝上间隙的高位膈下脓肿，此途径须经过胸腔肋膈角部分，除非原有胸膜疾病此处已粘连闭合，否则均应分二期进行。第一期在侧胸部第8或第9肋处作切口并切除一小段肋骨直至胸膜。然后用碘仿纱布和酒精纱布填塞伤口，使引起周围粘连一周后再行第二期手术时即可在穿刺定位后，切开已粘连的胸腔肋膈角，直达脓肿置管引流。
