慢性根尖周炎中最多见的是根尖周肉芽肿。它是由炎性牙髓、坏死牙髓的感染扩散，经根尖孔缓慢刺激根尖周，一开始就作为一种慢性过程而发病，极少数也可能由急性根尖周炎转变而来。
肉眼所见：根尖周肉芽肿为附着于牙根尖部的一团肉芽组织，一般约绿豆大小，外面有纤维组织包绕，且与牙周膜连续，致使其附着于根尖，纤维也将肉芽组织和周围骨组织分隔，可随拔牙时一同拔出。
显微镜下观察，慢性根尖周炎以淋巴细胞、浆细胞和巨噬细胞浸润根尖周组织并有肉芽组织形成为其特征。医学|教育|网搜集整理肉芽组织内除慢性炎症细胞浸润外，可见血管内皮细胞和成纤维细胞增生，新生的毛细血管常衬以肿胀的内皮细胞。巨噬细胞由于吞噬脂质后可形成片状聚集的泡沫细胞。另有胆固醇晶体和含铁血黄素沉积，异物型多核巨细胞常伴随晶体出现。聚集于组织内的胆固醇晶体在组织制片过程中被溶解，显微镜下呈针状透明裂隙。
根尖周肉芽肿内的另一个重要特征是有上皮存在，其上皮绝大多数来自牙周膜的Malassez上皮剩余。少数病例也可来自：①口腔上皮：见于有瘘管口和口腔相通的病例，上皮可经瘘管长入；另一种情况是牙周病患者，上皮可由牙周袋或受累的根分叉上皮增生而来。②呼吸道上皮：见于病变和上颌窦相通时。
