中医基础理论是研究中医学基本概念、规律、原理、原则等的一门学科，是整个中医现代学科群的基础。它以独特的研究思路与方法，客观地概括了人体生理活动、病理变化、养生和防治疾病的基本规律，因而具有指导临床实践的作用。其内容主要包括中医学的哲学及方法论基础，中医学对正常人体与疾病的认识，以及中医养生和治疗原则等。
任何一门学科都受一定哲学思想的指导。中医学以中国传统文化为母体，因此，中国古代哲学及其思维方式对中医理论体系的渗透和影响是全方位的，自始至终的。它不仅是中医理论的指导思想，而且构成了中医理论体系的基本内容。首先，精气学说（又称“元气论”、“气论 ”）作为主导性自然观，对世界“本体”问题作出了中国古代哲学的代表性阐述，并决定着中国传统科学包括中医学的研究思路、方式及其特质，也是整个中医理论得以建立的基石。其次是阴阳和五行学说，它们具有自然观和方法论的双重性质。阴阳学说所要揭示的是宇宙万物最一般的联系和最深刻的本质，是世界运动最普遍的规律；五行学说所要揭示和证明的是宇宙万物都有一定的结构，而且具有统一的结构模式，并试图具体地刻画出系统事物错综复杂的结构关系的一般机制。中医学家正是借用阴阳和五行学说认识生命及相关问题，分析归纳有关资料和信息，以建构中医理论体系。另外，与元气论、阴阳及五行学说相伴的思维方式和方法，也是中医基础理论的重要内容。
中医学对正常人体认识的理论，主要包括藏象学说、经络学说和精气血津液三大学说。
藏象学说借助以“象”测“藏”的司外揣内等方法，以研究脏腑的生理功能、病理变化及其相互联系为中心，结合研究脏腑与形、窍、志、液及外环境的关系，它与经络学说构成中医理论的核心。精气血津液理论主要探讨生命的物质组成及其机能活动的物质基础，阐述其生成、运行输布、功能、代谢、相互关系及其与脏腑之间的关系。经络学说主要阐释机体联络通道的构成、分布、功能及病理变化等。这三种学说相互包容渗透，互为补充，构成了中医学对人体生命独特而精辟的认识。另外，体质与人格，是不同个体的生理与心理特性的反映，影响着人对自然、社会环境的适应能力和对疾病的抵抗能力，以及发病过程中对某些致病因素的易罹性和病理过程中疾病发展的倾向性等，也是中医基础理论的主要内容。
中医学对疾病认识的理论，包括病因学说和病机学说。病因学说探讨引起疾病的各种原因及其性质和致病特点、规律等。病机学说主要研究疾病发生的原理及影响或诱发疾病的常见因素、发病途径和类型、疾病发展变化和转归的基本机理和一些共性规律。
中医养生与治则，也是中医基础理论的有机组成部分。养生学说研究人类的生命规律，探索衰老的机理，寻找增强生命活动、预防疾病、延年益寿的原则和方法。中医基础理论主要介绍养生的基本原则和主要方法。中医治则理论根据其研究对象的抽象程度高低及在治疗行为中主导作用的差异，可分为治疗观和基本治则两部分。治疗观部分重在研究治疗疾病过程中的最高层次的原则，是临床治疗时所需贯彻的基本思想；基本治则部分主要研究指导具体病证治疗的一些基本原则，是治疗观的具体贯彻，又对具体治疗方案、方法的选择与确定起重要的指导作用。至于治疗疾病的具体方法，则属于中药学、方剂学及临床各学科的内容。
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