1、牙釉质脱矿及龋病：正畸过程中由于口腔内多了许多矫治装置，因此如果还依照平日的清洁习惯就会遗漏许多不易清洁的地方，因此造成牙齿表面不可逆的脱矿（牙齿表面变成白垩色），严重的还可能发生龋病（虫牙）。
2、牙周组织损坏：牙齿移动及牙周组织的改建需遵循一定的生物力，不正确的矫治力可能会造成牙周组织的永久损伤。
3、牙根吸收：正畸治疗涉及牙根周围的牙槽骨缓慢改建，在过程中牙槽骨周围成骨及破骨细胞活动旺盛，因此牙根或多或少会发生一定程度的牙根吸收。吸收程度常因牙齿需要移动的距离而递增，但一般来说，只要遵循正确的生物力对牙齿进行加力，牙根吸收的程度不会对牙齿的稳定度产生影响。但由于个体差异的存在，在极少数情况下，牙根可能出现特异性吸收，进而造成牙齿松动或脱落。
4、黏膜溃疡：矫治初期，粘膜在与正畸托槽接触后有时会发生溃疡。治疗中有时因为结扎丝或弓丝末端的刺激也会发生溃疡。但一般在经过一段时间的适应之后都能够自行缓解。
5、正畸疼痛与牙体松动：在正常情况下，每个牙都有一定的生理动度以便缓冲咀嚼压力，防止牙齿受创伤。在做牙齿正畸治疗时，牙齿松动度增加，这是正常反应。不过这种牙齿正畸的副作用是可以恢复的。牙齿要移动时需要牙槽骨和牙周膜重建，这主要是因为牙齿是靠牙周膜固定在牙槽骨里的，这样牙齿就会变松动。但牙齿矫正到正常位置停止移动后，牙齿能够通过自身的修复能力便牙周膜重新附着而变稳固，不会发生永久性的损伤。所以，如果临床上发现牙齿松动度太大，应暂停加力，让其恢复段时间后继续加力。
6、牙髓反应：在牙齿正畸的治疗初期，牙髓内产生轻度的、暂时性的炎症反应，表现为患者在家里的头几天内有疼痛或不适感，但实验证明，这种影响是没有临床意义的。这也是牙齿矫正的副作用之一，不过是暂时的。
