1.胃潴留 随着对迷走神经解剖的不断了解以及手术方法的不断改进，这一并发症已逐渐减少。多发生在术后3～4天，即拔除胃管后。表现为上腹饱胀不适，呕吐所进食物或带有胆汁。检查可见上腹部明显饱满及隆起。钡剂检查，可见胃扩张，伴有大量液体潴留，胃壁张力减退，蠕动消失，无排空现象，但以手推压，钡剂能通过吻合口或幽门。小肠功能正常。以上症状一般在术后1～2周逐渐消失，也有严重而顽固的。但一般无需再次手术治疗。治疗以持续胃肠减压，温高渗盐水一日多次洗胃，保持水电解质平衡和营养。采用迷走神经干切断或选择性迷走神经切断术，如不加引流术，胃潴留发生率可达20％；如同时加引流术，则可下降至5％。高选择性迷走神经切断术，胃潴留发生率仅为0.7～2％。
2.腹泻 腹泻为比较常见的并发症，症状严重者并不多见。表现为进食后肠蠕动亢进、肠鸣、腹痛、腹泻，排出水样便而自行缓解。这一并发症与迷走神经切断方式有很大关系。迷走神经干切断术及选择性迷走神经切断术未附加胃引流术，腹泻发生率则较高。高选择性迷走神经切断术后腹泻发生率仅0～1％。
3.胃小弯坏死穿孔 这是一种少见的但非常严重的并发症，亦多见于高选择性迷走神经切断术后。多因手术时分离胃小弯的血管范围过广，甚至损伤了胃壁，特别是同时损伤了胃短血管，造成胃小弯胃壁缺血、坏死和穿孔。临床表现为突然上腹部疼痛及腹膜炎症状。一旦发生，病情较严重，应立即进行手术修补。为预防这一严重并发症，术中避免胃小弯分离范围过广，保护胃短血管，胃远端迷走神经切断后胃小弯浆膜进行缝合。脂肪较多的病人，应仔细弄清胃小弯的解剖关系，防止损伤胃壁，甚至食管壁。
4.复发性溃疡 目前迷走神经切断术治疗溃疡病的复发率仍很高，但各家的报道亦不甚一致。由目前的报道看，迷走神经干切断术附加引流术和选择性迷走神经切断术加引流术溃疡复发最高。胃大部切除术，迷走神经切断术加胃窦部切除和高选择性迷走神经切断术的溃疡复发率基本相似。复发原因：术前对术式选择不当；迷走神经切断不完善；胆汁反流等。
