保护自然环境与自然资源是自然保护区的最大作用,为了获得最佳的生态效益,首先必须将自然保护区内的自然资源和自然环境保护好。使各种典型的生态系统和生物物种,在人工保护下,正常地生存、繁衍与协调发展;使各种有科学价值和历史意义的自然历史遗迹和各种有益于人类的自然景观,在人工的保护下,保持本来面目。
自然保护区内的野生动植物中有许多种类是反应环境好坏的指示物,它们对空气、水文和植被等污染破坏状况十分敏感,定位定点对自然保护区这些生物指示物受危害的程度进行观察可起到监测环境的作用。
自然保护区有使多种多样的生物物种和自然群落,在其面积范围内使之生存和繁衍并能自然平衡发展的功能。同时自然保护区内还含有多种地貌、土壤、气候、水系以及独特人文景观的单元。
许多自然保护区内生长着茂密的原始森林,而森林涵养水源的作用是巨大的。森林能阻挡雨水直接冲刷土地,减低地表径流的速度,使其获得缓慢下渗的机会。森林同时能吸收有毒气体、杀菌和阻滞粉尘的作用。