《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》(财税[2009]27号)规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。
《企业所得税法实施条例》第三十六条规定，除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。
《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》(国税函[2005]318号)规定，依据《中华人民共和国个人所得税法》及有关规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业向保险公司缴付时(即该保险落到被保险人的保险账户)并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。
根据上述规定，企业在支付补充医疗险时应将支付的保险金并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计缴个人所得税，税款由企业负责代扣代缴，但在报销职工医疗费时，无需再缴纳个人所得税。
企业向保险公司缴付时(即该保险落到被保险人的保险账户)，并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”计缴个人所得税。若向保险公司缴付时未落到被保险人的保险账户，应在报销职工医疗费时，并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”计缴个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。
企业支付的补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在企业所得税计算应纳税所得额时准予扣除。
若企业为职工支付的补充医疗商业保险，不得税前扣除。
