商君之法太过刻薄寡恩,设连坐之法,制定严厉的法律,增加肉刑、大辟,有凿顶、抽肋、镬烹之刑。尤其是军功爵制度,造成秦国贵族多怨。
秦孝公二十四年(公元前338年),秦孝公病逝,太子駟继位称王,为秦惠文王。商鞅祸难临头。公子虔指使其门徒诬告商鞅谋反,秦惠文王随即下令将商鞅速捕。
商鞅闻讯匆忙逃到边关,想要投宿。旅店主人不知道他是什么人,对他说:“商丞相新法规定,容留没有证件的人住宿,要坐班房,我们实在不敢收留你。”商鞅仰天长叹,这才意识到新法的某些条文太苛刻了,以致作茧自缚。
商鞅逃到与泰国紧邻的魏国,魏国人痛恨商鞅欺骗公子印,袭击魏军,把他押回秦国。商鞅脱身潜回其封地商,纠集兵士袭击郑县(位于今陕西省华县东)。秦朝廷派军队追捕商鞅,在黾地(位于今河南省渑池县西)将商鞅击杀。接着,秦惠文王下令把商鞅的尸体运回咸阳。以谋反罪将其车裂,并诛灭商鞅全家。