万历三十五年(1607年)，番禺举人卢廷龙进京，请求逐澳门诸番出居浪白外海，还我濠镜故地。在人民群众的强烈要求下，明政府对澳门问题重视起来，但是在如何对待葡人的问题上，明廷内部意见并不统一。一部分人激于义愤，主张以武力驱逐葡萄牙人出澳门，并曾经"纵火焚其民，以散其党"。特别是抗倭名将俞大猷，决心要"与之大做一场，以造广人之福"，他认为驱逐葡人并非不可能。另一部分人则主张迁移贸易地点，软硬兼施，迫使葡人离澳：一方面"将巡视海道副使移驻香山，弹压近地"，武力压迫葡人，另一方面则"明谕以朝廷威德，厚加赏犒，使之撤屋而随泊往来"。规定"自后番船入境，仍泊往年旧澳(指浪白澳)，照常贸易，无失其关市岁利"。
由于明政府中主张纵容姑息政策的人最终占了上风，驱逐葡人的意见最终没被采纳。其中一个重要原因是澳门问题牵涉到了一些当权者的利益。因为澳门的商税既可以解决广东官员的薪俸和军饷开支，各级官员又可以获得大量的贿赂。他们对待葡人的态度往往是利其宝货佯禁而阴许之。因而，这部分人主张仍旧允许葡人留居澳门，但要加强防范和管理，一方面"于澳门狭处，用石填塞，杜番船潜行，以固香山门户";另一方面"将澳以上，雍麦以下，山径险要处，设一关城，添设府佐官一员，驻扎其间，委以重权，时加议察，使华人不得擅入，夷人不得擅出，惟抽盘之后，验执官票者，听其交易，而取平焉"。1614年，明廷正式允许葡人留取澳门，但对其申明约束，并驻军监视。
应该指出，尽管葡萄牙人取得了在澳门的居留贸易权，但澳门在鸦片战争以前从未独立于中国政府管辖权之外，无论是行政、司法还是税收等方面，明清两代政府都对澳门实行着有效的管理。
在行政方面，明政府除继续设置守澳官以外，还在澳门驻有香山县差官和提调、备倭、巡辑等官员，并指派海防同知和市舶提举司对驻澳葡人进行约束。当发生重大事件时，两广总督等封疆大臣也能直接过问当地政务。到了清代，清政府以澳门民蕃日众，距离香山县城较远，特将香山县丞移驻前山寨，"改为分防澳门县丞，察理民蕃，以专责成。"乾隆八年(1743年)，又设澳门同知于前山寨，将香山县丞移往澳门关闸以南的望厦村。乾隆十四年(1749年)，澳门同知与香山知县议订善后事宜十二条，经葡使赞同、督抚核准后，用中，葡两种文字刻石于澳门议事亭内，以示永远信守。这项中国政府对澳门颁行的管治澳门的章程，一直执行了100年。
明、清政府在澳门行使司法权，是由香山县丞、知县、澳门同知、广州知府以至广东督抚等地方长官负责的。在司法实践中，中国政府参照了唐律中有关"诸化外人，同类自相犯者，各依法俗法;异类相犯者，以法律论"的原则，规定如果当地的葡人自相侵犯时，由他们自己的法官按照本国法律来审判，不服判决者，还可向设在印度果阿的葡萄牙高等法院上诉。如果涉及中国人，不论中国人作为原告或是被告，案件都由在澳门的中国官员审理;一旦发生蕃汉之间的凶杀案，前山寨的中国官员均得依律前往澳门验尸，并将一切物证呈送广州作最后判决。《澳门纪略》上有不少案例记载，表明中国政府坚持对澳门的司法权，是非常坚决的。
中国对澳门的财政权、关税权，主要体现在对居澳葡人征收对外贸易税钞。开始，明政府对船货实行十分抽二的"抽分"制度。后因"夷民"勾结中国奸商及前去抽分的知县，偷漏税严重，明政府加强了监督，并改"抽分"为"丈抽之例"，将"西洋船定为九等"，"按船大小以为额税"。自1571年殷正茂向澳葡商人按额征收舶税起，此种税钞征收即成为定制，明代由广东市舶司或香山县征收，清代则由总口旗员征收。根据记载，仅1830年4月到1831年3月的一年中，中方即从澳门征收税额69，183两。
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