（一）内部控制制度建设覆盖面不足目前，农业保险公司都在对自己的内部控制制度的建设进行完善，对财务风险的产生进行了控制，但是在具体的业务经营环节中，其内部控制建设与财务风险管理依旧存在一些不容忽视问题，内部控制制度依旧没有实现对公司财务业务的全覆盖面。保险企业内控制度建设的主要目的在于减少自己的财务风险，并渗透到企业销售、承保、理赔环节，这都会对公司财务内部控制带来较大的影响。目前，很多保险公司都提出了财务风险问题，但是在应对方面只重视财务部门内部工作的调整，对农业保险项目运营中产生的问题没有引起高度重视，因为内部控制制度建设覆盖面不足造成企业内控审核、控制、监督的作用不能充分地发挥出来，而由于缺乏内部控制造成保险项目存在的各类问题，造成客户投诉数量不断攀升，对保险公司信誉造成了严重的不利影响，因此其内部控制制度的覆盖面必须进一步完善，制度建设要重视财务风险防控的全局性，这是提高农业保险效能的关键。
（二）内部控制制度执行缺失穿透性目前，农业保险企业在对自己的财务风险监督把控过程中，因为内部控制不能得到有效的落实，在保险公司下辖各分支机构，内部控制的穿透效果没有充分地发挥出来，同时存在执行情况不理想的现象，这对保险公司内部控制的顺利实施造成了障碍。根据对保监会网站提供的数字，结合全国各地农业保险监管部门颁布的处罚文件，我们可以发现目前我国农业保险公司内部控制中存在的问题。截至2023年1月末，经过仅1个多月时间，保险监管部门颁布的行政处罚决定就有40多条，主要是针对虚构人合同、虚构中介、保险服务违法等行为做出来的处罚决定。分析这一数据，我们也可以发现监管部门的处罚精细化的趋势十分明显，而当前农业保险公司内部控制和财务风险控制的规范性、执行力都有待进一步提升，因此农业保险公司内部控制制度执行穿透力依旧总体处于较低的水平，让内部控制制度全面贯彻落实已经是当务之急，是农业保险行业必须引起重视和解决的问题。
（三）内部控制的改良与行业监管不匹配部分农业保险企业不能及时科学地改良自身的财务风险内部控制机制，这也是目前农业保险行业内部控制存在的主要问题。农业保险企业内部控制需要结合公司的发展方向和经营现状，而内部控制的发展需要结合保险公司的战略发展目标，对当前保险公司内部控制改良才能取得预期效果，但是目前多数保险公司内部控制制度不能与公司发展同步进行，内部控制制度的创新缺乏及时性，不能很好地做出响应。当前保险行业监管不足，企业缺乏有效的农业保险业务全过程控制能力，因为上述问题的存在，再加上公司信誉和股权代持问题，也给农业保险业务带来了较大的财务风险。与此同时，保险公司的内部控制和财务风险管理与农业保险服务必须实现深度融合，但现在很多保险公司缺乏这方面的融合，在农业保险销售、理赔环节中，不能从客户合作与服务的视角理清自身的财务风险，使得企业的内部控制管理也失去了明确的方向，因此，农业保险企业应建立健全与自己的客户服务相融合的科学内部控制制度，充分发挥行业监管在农业保险中的作用影响，是当前保险公司亟待解决的另一个问题。
（四）内部控制财务监管能力相对薄弱目前，很多保险公司在财务方面的内部控制精细化程度处于较低的水平，公司缺乏有效的农业保险项目财务监管能力偏低，也没有建立完善的内部审计、风险责任和预警机制。由于公司的财务监管能力处于较低的水平，造成农业保险项目的财务管理和内部控制缺乏应有的战略指向性，相关的财务管理实施制度、执行流程、财务风险内部控制都缺乏有效的评估指标，导致了保险公司财务风险不断出现，而且具体的财务监管中，多数保险公司认为保险项目的财务风险需要财务部门自己解决，而未注意其对公司所有部门的影响。在这样的背景下，很容易导致企业内部其他部门对财务监管漠然视之，因此强化农业保险项目的财务监管，划分清楚不同部门的权责，是目前农业保险项目财务风险内部控制的重要问题。
（五）内部控制信息化管理滞后近年来，随着我国农业保险迅速崛起，企业在内部控制及财务风险管理牵涉到的领域越来越宽泛，在农业保险项目实施的过程中，财务控制流程愈发复杂，业务往来日渐频繁，因为流程涉及面过广，产生了大量的信息数据，处理起来比较复杂，造成农业保险项目的财务风险内部控制问题不断出现。当前很多农业保险项目对运用信息化管理平台实施财务风险内部控制并不适应，依旧使用人工对农业保险项目财务问题、风险防控和内部控制进行管理，部分公司虽然使用了信息化财务管理平台，但是在应用效率还处于较低水平，少量信息化管理平台与大量人工手段相结合，目前依旧是农业保险项目管理的主要方式，而且保险公司内部也没有建立自己的行业化信息化管理体系，造成农业保险信息不能及时的共享互通，这种信息化平台滞后于保险企业财务和内部控制管理的现象，也给农业保险项目规范有序的运行带来了较大的风险。
