1.人力资源管理信息化建设水平低。在职称改革的发展背景下，各项改革工作得到进一步推进，事业单位人力资源管理的信息化水平逐渐提升，但在部分事业单位中，针对人力资源的管理信息化仍然过于形式化。同时，由于信息化建设开始的时间较晚，没有充足的经验，造成了事业单位在开展对员工的管理和招聘工作时，无法实现对现有信息技术手段的合理利用，无法真正做到将信息化技术融入管理当中。除此之外，在部分事业单位中存在多个人力资源管理部门，对应的业务流程十分复杂，因此无法实现对人力资源信息进行集中管理，会进一步影响各项工作办理的周期，从而极大地降低了人力资源的管理效率。在人力资源信息化方面，对所需的专用软件需求越来越高，目前大部分事业单位还采用传统、粗放的方法，往往忽略了专业管理软件的重要性，没有重视对相关软件的开发和应用。由此一来，信息化建设只能停留在表面，很难真正为促进管理效率提升提供帮助。
2.人力资源信息化管理制度建设滞后。通过对当前事业单位的人力资源管理现状分析得出，在信息化管理制度和流程上仍然存在诸多与信息化建设相矛盾的问题。第一，事业单位人力资源管理制度建设滞后。事业单位人力资源管理制度的建设落后于信息化的建设，这一现象的存在造成了信息化在提高人力资源管理效能方面的成效不高，在信息化管理中，实际办理业务若仍然按照以往的方式实施，则会造成管理效率大打折扣。第二，高层领导对信息化管理重视程度不足。一些事业单位的高层领导没有充分认识到人力资源管理中信息化建设的重要性，由于信息系统的应用不频繁，造成了许多工作的滞后。减员增效是实现管理信息化的起点，但是，过去的一些管理系统在某些方面与信息化的目标相违背，从而制约了事业单位信息化建设的发展。
3.存在潜在实施风险。当前事业单位人力资源管理信息化还存在潜在的实施风险，具体表现在两个方面。第一，对信息化建设项目的实施风险分析不够全面；第二，存在严重的安全隐患问题。通过对我国事业单位人力资源管理信息化建设的分析发现，存在的主要问题是：投资e-HRM建设能否达到预期回报？优化升级的成效如何？基于这两个问题，在实施过程中，如果只考虑人力资源管理信息化的风险，势必会导致人力资源管理的信息化进程迟缓。事业单位人力资源管理信息系统的建设是一个不断完善和优化的过程，对工作项目进行全面的风险控制分析是必要的，但也不能妨碍信息化建设的顺利进行。同时，对于引入的信息化管理系统在实际应用中能否真正促进管理工作效率的提升，还需要时间和实践的进一步检验。信息化建设虽然能够提高管理的效率，但同时也造成了网络安全、网络病毒、信息泄露、数据垃圾等风险的产生，为保证事业单位人力资源管理的信息安全，必须进一步健全人力资源信息输入与利用的管理机制。
