一、肝内慢性炎症或创伤。肝内慢性炎症以肝结核和肝脓肿多见,少见于霉菌病、布鲁菌病、门静脉血栓形成和结节性病。这类钙化灶缺乏特征性B超和CT图像,难于与原发性肝癌和肝内转移瘤鉴别。但是,X线平片的诊断很大,平片上50%肝区见均匀弥散于肝左右两叶的钙化灶,90%大小为8~12mm,个别融合性钙化灶可达3~4cm,而且65%患者胸片上可见肺结核征象;
二、寄生虫感染。肝脏寄生虫病也可以出现肝内钙化灶,常见有肝包虫病和肝血吸虫病,前者多见于牧民,后者多为疫区的农民和渔民。肝包虫病肝脏的病灶是无数小囊泡集而成,呈弥漫浸润生长,与正常肝组织界限不清楚,囊璧有钙盐沉积;
三、肝内胆管结石,出现肝内胆管结石后会引起肝脏组织局部坏死的纤维化痕迹,引起结石在阻塞部位的小胆管的扩张;
四、有的是先天发育形成,多是由于在出生之前在子宫内胎儿已经有肝内钙化灶的形成,常合并先天畸形,发现率为0.057%; 五、肝脏上面的一些疾病,是引起肝内钙化灶的常见原因,例如肝囊肿、肝肿瘤、原发性肝癌等。