免疫系统是一个由免疫细胞和有机器官构成的网状系统，它遍布整个人体，能自动对抗外来的有害物质，清除坏死细胞，并毁灭可能致癌的突变细胞。免疫系统的结构是繁多而复杂的，其主要的免疫器官有骨髓、扁桃体、胸腺、脾脏、盲肠、骨髓、淋巴结、淋巴管。这些关卡都是用来防堵入侵的毒素及微生物。
扁桃体位于咽部，是制造淋巴球与产生抗体的地方，人的淋巴球会对由口腔(食物及空气)进入的细菌产生反应。
胸腺属于中枢淋巴器官，位于胸腔顶部，是系统发展功能的中心，它负责训练免疫细胞让它们知道自己的责任。能供应具有免疫力的细胞到所有周边淋巴组织，也是淋巴干细胞增生并分化成T淋巴球之处。
脾脏位于腹腔内，近似卵圆形或指形是人体内最大的淋巴器官，是血液的过滤器。脾脏常会因疾病而肿大，没有脾脏者，较易受到病菌的感染。
骨髓为白血球、红血球衍生与形成的主要器官，能产生定型与成熟的淋巴球，并将其释放进入其它淋巴器官及血液循环系统，进行特定免疫功能。
盲肠最明显的特征是有大量的淋巴小结，它们会在此互相融合并伸入粘膜下层。
淋巴结为体内重要的防御关口。沿着淋巴管的途径分布，具有过滤免疫反应、再循环的功能，还具有清除淋巴异物的功能。细菌进入淋巴结后，约有99%会陷在其中，并受摧毁。
淋巴管为淋巴液在体内特定部位循环的管道，负责将淋巴液由组织带入血液中。
B细胞和T细胞都来自于骨髓，但T细胞形成于胸腺，它的主要功能是消灭外来侵袭物。
成熟且经过启发的T细胞将演变为以下各种细胞：
辅助细胞：确认入侵者，发送讯号，召集B细胞及巨噬细胞进入备战状态;
抑制细胞：随时观察战况，发送停战信号，避免免疫系统因工作过度而杀死自身成员;
自然杀手细胞：是免疫系统中的另一重要成员。是人体对抗癌症及肿瘤最强的防御武器。虽然自然杀手细胞较之其所对抗的癌细胞小很多，但它却能够粘附在癌细胞上，将癌细胞连根拔起。
吞噬细胞不但攻击外来入侵者，同时还吃掉战后死亡的敌人，清理战场，它们是人体异物的终结者。它的触须，可将入侵者拉入细胞褶内，然后分泌酵素，以消化，吸收该入侵者，并将吸收后的剩余废物与人体垃圾一起运出体外。我们咳出的痰及伤口流出的脓汁，都是死亡的白血球和细菌、病毒的尸体。
巨噬细胞除吞噬外来物外，还吞噬人体衰竭的细胞。红血球的寿命是120天，死后的尸体均由巨噬细胞清扫，巨噬细胞是血液的清道夫。一旦人体死亡的组织及细胞被清除，新的组织即可再生，具有很强的恢复功能。如果一个人不再吸烟，肺内的巨噬细胞可帮助他修复被烟熏坏的肺，使其恢复健康。
