1、苦参：生物碱类-苦参碱、氧化苦参碱为指标成分。双稠哌啶类，具有喹诺里西啶基本结构。
2、山豆根：喹喏里西啶类-苦参碱和氧化苦参碱为指标成分。
3、麻黄：麻黄生物碱-有机胺类;主要有左旋麻黄碱(40%-90%)，右旋伪麻黄碱。指标成分为盐酸麻黄碱和盐酸伪麻黄碱。
4、黄连：小檗碱为主。以盐酸小檗碱为指标成分。除木兰碱为阿朴菲型外，其他都属于原小檗碱型，且都是季铵型。
5、延胡索：多种苄基异喹啉类生物碱，包括延胡索甲素、延胡索乙素(成-四氢巴马汀)和去氢延胡索甲素-多数属原小檗碱型。《中国药典》以延胡索乙素为指标成分进行含量测定。
6、防己：《中国药典》以粉防己碱(汉防己甲素)和防己诺林碱(汉防己乙素)为指标成分。属于苄基异喹啉。由于两者分子结构中 7位取代基的差异，前者为甲氧基，极性小;后者为酚羟基，极性较大。
7、川乌：《中国药典》以乌头碱、次乌头碱和新乌头碱三者为指标成分。双酯型乌头碱(毒性强)。
8、洋金花：莨菪烷类生物碱。主含莨菪碱(阿托品，解痉镇痛、解有机磷中毒、散瞳)，东莨菪碱(镇静麻醉)、樟柳碱和N-去甲莨菪碱。《中国药典》以硫酸阿托品、氢溴酸东莨菪碱为指标成分。
9、天仙子：《中国药典》以东莨菪碱和莨菪碱为指标成分。对照品采用氢溴酸东莨菪碱和硫酸阿托品。东莨菪碱分子中有氧桥，中枢作用最强;山莨菪碱 6-β位多羟基，作用最弱。
10、马钱子：指标成分：士的宁(又称番木鳖碱)和马钱子碱-吲哚类，两个都是味极苦，有强毒性。
11、千里光：吡咯里西啶类生物碱，千里光宁碱、千里光菲宁碱及痕量的阿多尼弗林碱等。《中国药典》以阿多尼弗林碱为指标成分进行定量测定，其中阿多尼弗林碱的含量不得过0.004%。
12、雷公藤：《中国药典》以雷公藤甲素为指标成分进行。雷公藤甲素为二萜类化合物，不是生物碱。
